Crysis развивает основные идеи геймплея прошлой игры Crytek — Far Cry. Действие всё так же происходит в джунглях, и игрок может решить каждую поставленную задачу разными способами. Одной из самых главных особенностей геймплея игры является нанокостюм, в который одет главный герой. Кроме защиты тела от ранений, нанокостюм способен распределять свою энергию для придания определённых способностей своему носителю.